הממשקים הנרחבים הללו עם חקלאים, בעלי עדרים ובעלי השטחים דורשים עבודה רבה על יצירת הסכמות, שיתופי פעולה, בניית אמון ושיתוף טרם תכנון. בעבר, בפרויקטים מוגבלים בהיקפם ובאורך מקטע הנחל, גורמי המקצוע ברשות ניקוז ונחלים קישון או המתכננים נהגו לתאם ולהגיע להסכמות מול בעלי השטח או הגופים השונים בשטח (קיבוצים, חקלאים, קק"ל וכן הלאה) בעצמם, וכך לאורך השנים נבנו יחסי עבודה ואמון עם הגורמים השונים. עם זאת, ההיקף הגדול במיוחד של פרויקט נחל ציפורי והראייה האגנית דרשו גיוס של צוות חקלאות מקצועי, שמורכב משי גלעד ומפרופ' אבי פרבולוצקי. ייעוד של צוות לנושא זה, בשילוב הידע, הניסיון והמקצועיות ששי ואבי מביאים איתם מאפשרים עבודת עומק של יצירת שיתופי פעולה עם החקלאים והגופים השונים בשטח, תוך הבנה ויכולת ראייה של הפרויקט בכללותו. כן מתאפשרת עבודה יעילה יותר ושיטתית תוך נקודת מבט רחבה, וקצב מהיר של קידום פרויקטים בשטח.  

הצוות החל לעבוד בשטח האגן לפני כשנתיים, והוא מפתח שיטות עבודה שבבסיסן עומדת תפיסה של הסתכלות אגנית, והבנה שהחקלאות היא חלק מהמרחב ותמשיך להתקיים לצד הנחל. לכן, השאיפה היא  להגיע ליצירת הסדר משותף, מיסוד שיתוף הפעולה, ובניית אמון ארוך טווח בין רשות ניקוז ונחלים קישון לחקלאים ובעלי העדרים. שאיפה זו נובעת מהבנה שללא כל אלו, לא ניתן יהיה לשקם את הנחל בצורה מיטבית ולאורך שנים. הצוות למעשה עוזר לתווך בין מגוון רחב של צרכים, רצונות, השפעות הדדיות ותפיסות שונות של המרחב  – מאמצי השיקום האקולוגי של הנחל, מתן מקום ושטח לנחל והנגשת מרחב הנחל לציבור הרחב אל מול צורכי החקלאים שעובדים באותו מרחב השפעת השינוי במרחב עליהם ועל השטח שלהם, שהוא במקרים רבים קניינם הפרטי.
לא תמיד ההסכמות הן פשוטות וישנם אינטרסים מנוגדים, במיוחד כאשר נדרש לתת מקום לנחל על חשבון שטחים חקלאיים, למצוא פתרונות חלופיים למקור מים, להזיז עדר ממקומו סמוך לנחל או לאפשר קישוריות ודרך למטיילים. לכן לעיתים קרובות האתגר של הצוות הוא למצוא פתרון שהוא לא בהכרח הפתרון הטוב ביותר עבור כל אחד מהצדדים, אלא פשרה שמקובלת על כולם, תיטיב עם כולם ובעיקר עם הנחל, תהיה מקיימת לאורך זמן ואף תזרז הוצאה לפועל של התוכניות. חשיבות נוספת לקיומו של צוות חקלאות ייעודי היא כתובת קבועה עבור החקלאים לשאלות וחששות שעולים מהשטח גם לאחר סיום ביצוע פעולה מסוימת בשטח, במקרה של עיכובים או אפילו כדי לדאוג למפתח לשער חדש שהוצב.
פן נוסף של שיתופי פעולה שהצוות מייצר הוא יצירת ממשקי עבודה שוטפים עם גופים שונים בשטח – קיבוצים בעלי שטח, קק"ל, רשות הטבע והגנים ועוד – לשם מציאת פתרונות טובים, משתפים, ומשותפים. לדוגמא, יצירת הסדרה בין בעלי עדרים שרועים בשטחי יער של קק"ל לנציגי קק"ל, ואיתור מקומות מתאימים להצבת שקתות מים.

עבודת הצוות מתחלקת למספר תחומים:

• עבודה עם בעלי העדרים הרועים בסביבת הנחל על מנת להגיע איתם להסדרים על: הרחקת המרעה מהנחל, פתרונות למקורות מים חלופיים, הצבת גידור, וכן על מנת לחזק את האמון ההדדי ובכך למנוע הישנות של רביצת המרעה בנחל. כיוון שבעבר הפרקטיקה המקובלת הייתה להתייחס לגופי המים הטבעיים כמקור מים לעדרים, בסיס העבודה של הצוות הוא קידום של שינוי תפיסה זו ביחד עם הגופים הרלוונטיים באגן (רט"ג, קק"ל ומשרד החקלאות). יש לזכור שמציאת מענה לעדרים והוצאתם מסביבת הנחל היא שלב הכרחי להצלחת שיקום הנחל.
• תוכנית המים שבבסיסה חיבור חקלאים למי מערכת או מי שיטפונות והפסקת שאיבות ישירות מהנחל. צוות החקלאות עובד ביחד עם יועץ המים לתוכנית כדי להגיע להסכמות עם החקלאים, ספקי המים ואגודות המים.
• יצירת ממשק 'חקלאות תומכת סביבה' בתמיכה ישירה לחקלאי– 'מתכונים' לחקלאות משמרת סביבה ברצועות החקלאיות הסמוכות לנחל (אזורי חיץ). התמיכות לנושא זה מתוקצבות על ידי רשות ניקוז ונחלים קישון כדי לעודד חקלאים להצטרף ולהטמיע את הפרוטוקולים המתאימים להם בשטחם, גם אם הם מצמצמים מעט שטחי ייצור מזון. מטרת ממשק זה הוא ליצור אינטרס משותף לחקלאים ולנחל על ידי יצירת אזורי חיץ שתורמים לאקולוגיה של הנחל מחד ולשירותי מערכת לחקלאי מאידך.