המודל של שותפויות אגניות מקובל ברחבי העולם כחלק מהגישה האגנית המשלבת. מטרת השותפות היא לכנס את בעלי העניין המרכזיים באגן, להגיע יחד להבנות, לגשר על קונפליקטים, לגבש נהלי עבודה ולמצוא הזדמנויות לשיתופי פעולה בין הגופים הפועלים במרחב האגן. ישנן אסטרטגיות שונות כיצד לנהל שותפות כזאת עפ"י האופי של מרחב האגן. במקרה של נחל ציפורי לשותפות אין מעמד סטטוטורי, אלא שהיא נוצרה באופן וולונטרי מתוך השקפת עולם של גיוס שותפים רבים באגן לעבודה משותפת.