אחת ממטרות הניטור הרב-תחומי היא להבין כיצד פעולות אנטרופוגניות משפיעות כיום על המערכת האקולוגית, ואילו ביואינדיקטורים עלינו לחפש על מנת להסיק על שינוי במצב הנחל. כדוגמה ניתן לקחת את המקרה של שעיר כנף (Trichoptera), חרק מים מתוקים בסדרה של חרקים בעלת 12,000 מינים, כביואינדיקטור לתנאי הסביבה בנחל. זחל שעיר כנף מהסוג שעיר כנף הרשת (Hydropsyche) שבית גידולו המועדף הם נחלים זורמים בהם התשתית אבנית , איכות המים טובה, הגדות יציבות וצמחיית גדות מעוצה. תוצאות הסקרים מראות כי במקטע העליון של הציפורי, החל מעינות ציפורי ועד למפגש עם נחל יפתחאל, אין נוכחות זחלים של שעירי כנף מסוג זה. לעומת זאת, במקטעים שמורד לנחל יפתחאל, תנאי בית הגידול משתפרים, וזחלי שעיר הכנף אכן מאכלסים את הנחל, כצפוי. ממצא זה המצטרף לתוצאות מסקרים נוספים, מצביע על כך שיש השפעה של זיהום מים המגיע מהמעלה, כמו גם השפעה של חקלאות אינטנסיבית צמודת גדה התורמת להצטברות של סחף על גבי הקרקעית, רעיית בקר אינטנסיבית וחסמים הידרולוגיים לאורך נתיב הזרימה. איכלוס טבעי של זחלי שעיר הכנף למקטע העליון של הציפורי אחר פעולת השיקום תהווה אינדיקציה לכך שתנאי בית הגידול בנחל השתפרו והפכו מתאימים לקיום קבוצה זו של חרקי מים. באופן דומה גם העדרם של חלזונות שחריר הנחלים ממקטע זה, מצביעה על העדר תנאים מתאימים בנחל, למרות קיומה של אוכלוסיה גדולה של חזלונות אלו בעיינות ציפורי.

המקרה של שעיר הכנף, מהווה דוגמה אחת מיני רבות של דינמיקה בין המרכיבים הביולוגיים למאפיינים הפיזיים של הנחל, וכיצד כל רכיב במערכת יכול לספר לנו סיפור אחר על איכות מים, קישוריות, מורכבות מבנית ועוד מגוון רחב של תנאי סביבה שונים. זיהוי ואיפיון כלל המערכת נועד לסייע להכנת תכנית פעולה לשיקום כולל של האגן הכולל בתוכו סל כלים רחב של פעולות שיקום. "ההמלצות לשיקום נגזרות מכל הדברים שראינו. מה שמיוחד בפרוייקט הזה מבחינתנו שזה מעבדת שדה. זאת פעם ראשונה שעושים שילוב של רוב ההשפעות הסביבתיות שנמצאות במערכת, ונקודת הראייה היא אינגרטיבית והוליסטית. אנחנו לא פותרים רק בעייה אחת, אלא יש צורך להתמודד עם כל הבעיות בו זמנית. זה מאתגר מאד" מוסיף ירון.

סקר מצב קיים בנחל ציפורי משלים בימים אלו את שלב הזיהוי וההערכה של תפקודי המערכת השונים, בהם גם בתי גידול לחים המצויים מחוץ לערוץ הנחל (ביצות, מעיינות ובריכות חורף) ובשלב הנוכחי מתגבשת תוכנית פעולה מפורטת לשלל פעולות שיקום שיתבצעו בנחל בהתאם להמלצות. כאמור שיקום אקולוגי של הנחל הוא גם מטרה בפני עצמה, וגם אמצעי ללמידה על האפקטיביות של פעולות השיקום השונות על מרחב הנחל. פעולת שיקום כוללת מתייחסת אל שיפור מצב בתי הגידול השונים והעלאת המגוון הביולוגי, אבל אינה מסתכמת בכך. המטרה היא גם לטפח נחל נקי, זורם, רציף ומזמין למטיילים ותושבי האזור. כשנוכל להבחין בכך שזחלי שעיר הכנף חוזרים להתקיים בשפע בערוץ, יחד עם מיני דגים שונים, דו-חיים ויונקים, נרוויח מצד אחד שיפור במגוון הביולוגי, ומאידך נוכל לקבל אינדיקציה שחל שיפור במצב הכללי של רצועת הנחל ואגן הציפורי.